Родился 6 апреля 1927 года в Нью-Йорке в США.
Начинал Маллигэн с фортепиано, затем стал изучать кларнет и различные виды саксофонов. Он заслужил репутацию отличного аранжировщика. В 40-х годах писал аранжировки для радио. Изредка играл на альт саксофоне в биг-бэндах.
Впервые Джерри Маллигэн, играл на баритоне на записи альбома «Birth of the Cool» в нонете
Майлза Дэвиса (1948-1950 годы)
В конце 60-х годов играл вместе с квартетом Дейва Брубека.